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十一、由具有一定权威的技术、经济、管理专家和企业家组成创新基金专家咨询委员会，负责研究创新基金年度优先支持领域和重点项目，指导创新基金年度支持重点和工作指南的制定，为创新基金管理中心提供技术咨询。
十二、组建中小企业创新基金管理中心（以下简称“管理中心”），为非营利性事业法人，在科学技术部和财政部指导下，负责创新基金的管理工作，履行下列职能：
（一）研究提出创新基金年度支持重点和工作指南，统一受理创新基金项目申请并进行程序性审查；
（二）研究提出有关创新基金项目评估、评审、招标标准，提出参与创新基金管理的评估机构及其他中介机构的资格条件；
（三）委托或者组织有关单位或者机构进行创新基金项目的评估、评审、招标等工作；
（四）负责编制创新基金的年度财务决算和工作计划，提出创新基金年度支持的项目建议，具体负责创新基金的运作；
（五）全面负责创新基金项目实施过程的综合管理，负责创新基金项目的统计、监理和定期报告工作。
十三、科学技术部每年发布创新基金支持重点和工作指南。凡符合创新基金支持条件的项目，由企业按申请要求提供相应申请材料；申请材料须经项目推荐单位出具推荐意见，其中申请贴息的企业还需提供有关银行的承贷意见。
十四、项目推荐单位要对申请企业的申请资格、申请材料的准确性、真实性等进行认真审查；对符合申请条件和要求的项目，出具推荐意见。
十五、积极引入竞争机制，推行创新基金项目评估、招标制度。凡符合招标条件的，必须通过公开竞争方式择优确定项目承担单位。
十六、管理中心按照有关标准要求，统一受理项目申请并负责程序性审查，送有关评估机构或专家进行评估、评审或咨询；符合招标条件的，须进行标书制定和评标选优。
十七、评估机构和评审专家对申报项目的市场前景、技术创新性、技术可行性、风险性、效益性、申报企业的经营管理水平等进行客观评估、评审，并出具明确的评估、评审意见。
十八、管理中心根据招标情况和评估、评审意见，提出创新基金年度支持的项目建议；必要时，科学技术部和财政部可以对评估结果进行复审。项目建议经科学技术部会同财政部审定批准后，由管理中心与企业签订合同，并据此办理相应手续。
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